正确答案: C

本题考查项目合同的知识，参考《信息系统项目管理师教程（第4版）》第16.6.1小节，P495。

在成本加激励费用合同中，买方最终支付金额的计算公式为：“支付金额 = 实际成本 + 激励费用”。其中，激励费用 = 目标费用 ± （目标成本 - 实际成本）× 卖方分摊比例（节余为 “+”，超支为 “-”）。

具体计算步骤：

1. 判断成本节余或超支： 实际成本（100 万元）＞ 目标成本（90 万元），属于超支，超支金额 = 100 - 90 = 10 万元。

2. 计算激励费用： 根据分摊比例（买方 60%，卖方 40%），卖方需承担超支部分的 40%，即：
激励费用 = 目标费用 - （超支金额 × 卖方分摊比例）= 2 - （10 × 40%）= 2 - 4 = -2 万元。
（注：激励费用为负数表示卖方需从目标费用中扣除承担的超支部分。）

3. 计算买方最终支付金额： 支付金额 = 实际成本 + 激励费用 = 100 + （-2） = 98 万元。

综上所述，本题参考答案选C。